Wasser wird in der Klosterbrauerei Andechs allerdings nicht nur für den Brauprozess, sondern auch zum Kühlen und Reinigen verwendet. Grundsätzlich setzt die Klosterbrauerei Andechs nur Wasser mit Trinkwasserqualität ein.

Die Qualitätssicherung der Klosterbrauerei Andechs untersucht das Brauwasser daher regelmäßig nach der deutschen Trinkwasserverordnung auf bakterielle und chemisch-physikalische Verunreinigungen. Die Wasserqualität darf nach dem deutschen Reinheitsgebot für den Brauprozess optimiert werden. Die Verfahren dazu entziehen dem Wasser Salze, fügen ihm aber keine anderen Stoffe hinzu.