Er verbindet die Räume miteinander, ähnlich wie das Atrium die Mitte des römischen Wohnhauses bildet. Auf dem Heiligen Berg diente der Kreuzgang vor der Säkularisation 1803 den Mönchen als Begräbnisstätte. Noch heute zeugen Grabsteine einiger Mönche von der langen benediktinischen Tradition auf dem Heiligen Berg.

Im Erdgeschoß des Andechser Klostergevierts verbindet der Kreuzgang die verschiedenen Räume wie Chorkapelle, Brüderzimmer, Refektorium und Sprechzimmer. Im südlichen Teil des Kreuzgangs befindet sich die 1458 geweihte Kreuzgangkapelle. Der Kreuzgang ist jedoch nicht offen, sondern aufgrund der strengen Winter mit Butzenscheiben verglast.

Im Kloster Andechs wird der Kreuzgang auch zur Aufstellung vor großen Gottesdiensten verwendet. Dort findet auch der „Steh-Konvent“ statt, eine kurze Zusammenkunft der Mönche nach dem Morgengebet, bei der sie sich über die anstehenden Aufgaben des Tages abstimmen.