Er ist Ausdruck einer seit dem Dreißigjährigen Krieg immer deutlicher hervortretenden Marienfrömmigkeit am Heiligen Berg. Der Doppelhochaltar ist entsprechend dem Kirchenraum zweigeschossig gestaltet.

Der untere Altar ist der eigentliche Wallfahrtsaltar, der obere Altar diente den Mönchen als Choraltar. Bei beiden Altären steht die Verehrung Mariens im Mittelpunkt. In der Nische des Wallfahrtsaltars thront die Madonna mit dem Christuskind. Durch Krone, Zepter und Brustschild ist sie als Königin des Himmels gekennzeichnet. Der sinnende Knabe hat von einer Weintraube eine Beere gepflückt. Sie deutet die im Spätmittelalter häufig anzutreffende Darstellung Christi in der Weinkelter an. Christus wird in der Kelter der Passion gepresst und spendet den Wein der Gnade (vgl. Jesus Sirach 24, 17).

Das Bildwerk der Gottesmutter wird flankiert von den Statuen der Kirchenpatrone: dem heiligen Nikolaus von Myra als Patron unter anderem der Pilger und Fährleute und der heiligen Elisabeth von Thüringen aus dem Geschlecht der Grafen von Andechs.

Am oberen Altar steht die Statue der Maria Immaculata. Dieses Schnitzwerk von Hans Degler (1564-1635) stammt vom frühbarocken Hochaltar zu Beginn des 17. Jahrhunderts. Die Seitenfiguren des heiligen Benedikt und der heiligen Scholastika schuf Franz Xaver Schmädl. Ebenfalls Werke Schmädls sind die Statuen auf der Emporenbalustrade, die vom oberen Altar zu den Freipfeilern des Kirchenraums überleiten. Sie zeigen rechts den heiligen Florian, Patron gegen Feuersnöte, und links den heiligen Johannes von Nepomuk, Bewahrer des Beichtgeheimnisses und Patron gegen Wassergefahr.

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