Nach der Aufhebung des Klosters 1803 gingen die Klostergebäude und ein Teil des Grundbesitzes zunächst durch mehrere private Hände, bis König Ludwig I. 1846 den gesamten Komplex als Wirtschaftsgut für die in München geplante Benediktinerabtei St. Bonifaz für 65.000 Gulden erwerben sollte.

Das Bräuhaus samt Inventar gehörte dazu und wird im Kaufvertrag vom 11. März 1846 eigens erwähnt. Andechs wurde zunächst auf Geheiß des Königs durch Mettener Benediktiner verwaltet, bis es nach der Gründung von St. Bonifaz am 24. November 1850 sukzessive in die Verantwortung der neuen Abtei übergeben wurde. Die vorhandenen Pachtverträge für Brauhaus und Ökonomie sollten bestehen bleiben, wurden aber dann bereits zum 1. Juli 1846 abgelöst, wofür Ludwig I. noch einmal 11.400 Gulden zur Verfügung gestellt hatte. Abt Gregor Scherr von Metten hatte die schlechte Ertragslage von Landwirtschaft und Brauerei beklagt und darauf gedrungen, die Bewirtschaftung mit eigenen Kräften zu übernehmen.

Im selben Jahr beginnen die Mettener mit Aufzeichnungen zur Geschichte des Hauses, die dann ab 1858 von Pater Magnus Sattler weitergeführt werden und eine unschätzbare Quelle für die Ereignisse und Entwicklungen dieser Jahre darstellen. Zum 17. September 1846 etwa schreibt der damalige Pater Rupert Mittermüller aus Metten: „Was das Temporale des Gutes betrifft, so machte die sehr lange verzögerte Ankunft eines Bräumeisters manche Schwierigkeiten u. Nachtheile. Das Sommerbier, welches man vom Pächter käuflich erworben hatte, ging gegen Ende Augusts aus u. die beiden Wirthe (in Andechs u. Erling) waren damit wenig zufrieden, weil sie nirgends eines zu bekommen wußten. Sie hätten gerade von der neuen Gutsverwaltung gefordert, was dem angetretenen Pächter oblag, nämlich für Bier bis Michaeli zu sorgen. Zudem war der Betrag für bisherige Bierabgabe an die Wirthe von diesen erst noch zu berichtigen, was heute (17. Sept.) noch nicht geschehen ist, wie denn die Wirthe sich überhaupt ziemlich herrisch geriren. Sie fordern unbedingt die Schließung der Klosterschenke! Die Sud hätte wohl mit Anfang November schon beginnen dürfen, allein der Braumeister Geltfinger erschien erst am 3. Sept. u. hatte die Braustatt noch ordentlich neu und herzurichten (Kühle, Maischpoding, Keller, Öfen, Gerste, Hopfen), wobei gleichfalls mehrere hundert Gulden aufgewendet werden mußten.“

Der Übergang war also nicht ganz so einfach. Doch bereits im Dezember 1846 schreibt Mittermüller: „Das Bräuhaus u. Bier steht nun bereits in gutem Rufe, welcher einen neuen Wirth (von Aschering) u. einige bedeutende Abnehmer (H. Pfarrer v. Perchting, Amtspersonal von Starnberg) herbeigezogen hat. Da jedoch der Ertrag der Ernte auf der verwahrlosten Gutsökonomie gering war (112 bis 120 Schäffel Gerste), so müßen namhafte Ankäufe gemacht werden, um wenigstens 1800 bis 2000 Eimer Sommerbier brauen zu können. Durch Vermittlung des H. Abtes v. Metten mußte daher ein neues Anlehen von 1000 fl. zu Stande kommen.“ Noch bis 1846 musste die Klosterbrauerei auf weltliche Braumeister zurückgreifen. Bald aber sollte es ein Nachfolger aus der klösterlichen Gemeinschaft werden. Der erste aus den Reihen des Konvents war dann Bruder Ämilian Haltenberger.