Dieser richtet sich nach den Richtlinien des Naturlandverbandes und setzt einen vorsichtigen und maßvollen Umgang mit der Natur voraus.

Die klösterliche Landwirtschaft umfasst 100 ha Ackerfläche, 25 ha Wiesen und Weiden, 15 ha Gewässer- und Hofflächen sowie 170 ha Forst.

Auf den Ackerflächen wird Dinkel, Roggen, Hafer und Kleegras angebaut. Das gesamte Brotgetreide wird von der Hofpfisterei in München abgenommen, die daraus unter anderem das Andechser Treber-Brot herstellt. Ein Teil des Grünlands ist verpachtet. Darüber hinaus betreut die Landwirtschaft die Streuobstanlagen rund ums Kloster.

In der Region sind jährlich ca. 1.000 mm/m² Niederschlag und eine durchschnittliche Jahrestemperatur von 7,2 Grad Celsius zu verzeichnen. Die Bodenbeschaffenheiten reichen von Schwemmland an der alten Ammer über Kiesböden bis hin zu anmoorigen Böden. Die Bonitäten der Böden reichen auf einer 100 Punkte-Skala von 35-45 Punkten. Die Stallungen zur Viehhaltung sind an einen ortsansässigen Landwirt verpachtet.

Ein weiterer Aufgabenbereich ist die Bewirtschaftung und Verwaltung der 170 ha großen Forstflächen des Klosters, die der zertifizierten und nachhaltigen Waldbewirtschaftung nach dem deutschen PEFC (Pan European Forest Certification) System unterliegen.

Die Landwirtschaft des Klosters Andechs ist Mitglied in der Arbeitsgemeinschaft „Ökologie auf Kirchengrund“.

Seit 2005 besteht diese Arbeitsgemeinschaft, in der sich Klöster und kirchliche Einrichtungen in Bayern zusammengeschlossen haben, die ökologischen Landbau und/oder Gartenbau betreiben. 2008 wurde die Arbeitsgemeinschaft für kirchliche Einrichtungen geöffnet, die in ihren Liegenschaften regenerative Energieträger nutzen.