Der Klosterladen befindet sich seit etwa 1890 rechts neben dem Torbogen an der Ostseite der Wallfahrtskirche.
1972 übernahm ihn Frater Stefan Janker (1944-2019) und leitete ihn bis 2016. Ein besonderes Anliegen war ihm die Sammlung, Erhaltung und Erneuerung religiöser Volkskunst.

Seit seinem Klostereintritt hat sich Frater Stefan Janker, Leiter des Klosterladens von 1972 bis 2016, um die Sammlung, Erhaltung und Erneuerung religiöser Volkskunst verdient gemacht.
Der Ursprung religiöser Volkskunst liegt in der bäuerlichen Kunst- und Handwerkstradition. Ihre Blütezeit erlebte sie vom 17. bis 19. Jahrhundert. So entstanden in dieser Zeit Andachts- und Erbauungsbilder. Bilder, Skulpturen und Bildstöcke gestalteten den gesamten bäuerlichen Lebensraum in Stube, Haus, Hof und Werkstatt. Ebenso bedeutsam sind künstlerisch gearbeitete Rosenkränze, Votiv- und Weihegaben und Wallfahrtsandenken, wie sie auch heute im Klosterladen angeboten werden.

Frater Stefan hat sich insbesondere mit Darstellungen des Jesuskindes in drei verschiedenen Typen beschäftigt: als stehendes Jesukind, wie es u. a. in Frauenklöstern als Trösterlein diente, in den vielfältigen Nachbildungen des Prager Jesuleins, das selbst wieder durch die Verehrung des Christkinds der Kirche Santa Maria in Aracoeli in Rom beeinflusst ist, und als so genanntes Fatschenkindl  (lat. fasci: Binde, Wickelband), einer Wachsnachbildung des liegenden Jesuskindes, in kostbare Windeln gewickelt.
 

Das Sortiment des Klosterladens umfasst unter anderem:

• Bücher zu Geschichte und Gegenwart des Heiligen Berges
• religiöse Literatur
• ansprechende Kinder- und Jugendbücher
• Geschenkbücher
• sakrale Kunstgegenstände wie Wandkreuze, Rosenkränze und Medaillen
• Kerzen für Taufe, Erstkommunion, Hochzeit oder Geburtstage
• Postkarten und Glückwunschkarten für jeden Anlass
• Andechser Klosterbiere einzeln und als Sixpack
• Biergläser und Seidel in großer Auswahl von 0,1 bis 1,0 l
• Andechser Schnäpse
• CDs