Die Klostermedizin verdankt ihre Entstehung Benedikt von Nursia (480-547). Um das Jahr 527 gründete er in Süditalien das Kloster Montecassino, dem er eine umfangreiche Regel gab. In Kapitel 36, 1 der Benediktsregel heißt es: „Die Sorge für die Kranken steht vor und über allen anderen Pflichten.“ Während bis dahin nur Höhergestellte eine medizinische Versorgung erhielten, behandelten die Mönche im Sinne der christlichen Nächstenliebe alle Hilfesuchenden – auch Obdachlose und Arme.

Die Mehrzahl der Pflanzen dieses Lehrgartens ist der „Andechser Apothekenliste“ entnommen, einer ursprünglich wohl aus dem Kloster Tegernsee stammenden Liste von Arzneistoffen. Die „Andechser Apothekenliste“ ist ein historisches Dokument der Pharmazie aus dem 15. Jahrhundert. Sie bietet einen Überblick über den Arzneischatz des Spätmittelalters und gehört zu einer Sammelhandschrift, die u. a. eine Beschreibung von Krankheiten, medizinische Rezepturen und Sammelanweisungen von Kräutern- und Heilpflanzen enthält.

In den Jahren 1763 bis 1811 unterhielt das Kloster Andechs eine eigene öffentliche Apotheke, die auch Bezirksapotheke war. Das Gebäude existiert noch heute, Teile der Apothekeneinrichtung befinden sich in den Beständen des Deutschen Museums in München.