Beim Betreten der Wallfahrtskirche sieht der Besucher über sich im Gewölbefresko, wie Kranke Heilung erlangen durch das Gnadenbild der thronenden Muttergottes von Andechs. Hier ist der Heilige Berg sinnbildlich der biblische Teich von Bethesda, ein Ort der Heilung.

Wer sich um die vier Kardinaltugenden Gerechtigkeit, Klugheit, Tapferkeit und Mäßigung und die drei göttlichen Tugenden Glaube, Hoffnung und Liebe müht, dem wird im großen Fresko des Mittelschiffs der Lohn vor Augen gestellt: Christus, der von den Toten Auferstandene, Retter derer, die seinen Namen bekennen.

Die Deckenfresken der Seitenschiffe beziehen sich jeweils auf den Patron des nächstgelegenen Seitenaltars. Johann Baptist Zimmermann malte an das Gewölbefeld über dem Michaelsaltar am Südportal ein Wunder, das der Erzengel am Monte Gargano in Apulien wirkte. Über dem gegenüberstehenden Johannesaltar ist zu sehen, wie Maria Johannes, dem Lieblingsjünger Jesu, eine Stola überreicht, die auch zum Heiltumsschatz von Andechs gehört. Das Deckenfresko zum Benediktsaltar zeigt, wie sich Benedikt zur Abwehr einer Versuchung in Dornen wälzt. Über dem Rassoaltar ist zu erkennen, wie Rasso mit dem so genannten Siegeskreuz Karls des Großen die Ungarn in die Flucht schlägt. Durch ihren Bezug zu den Andechser Reliquien zeigen diese Bilder den Heiligen Berg als Zufluchtsort bei Bedrohungen für Leib und Seele.

Im Deckenfresko über dem Gnadenaltar, sind im „Andechser Himmel“ Selige und Heilige um die Dreihostienmonstranz gruppiert, die in ganz unterschiedlicher Weise mit Andechs und seiner Geschichte verbunden sind.

26 Bilder erzählen die Geschichte des Heiligen Schatzes vom Erwerb der ersten Heiltümer durch Graf Rasso, den Ursprung der Heiligen Drei Hostien, die Wiederauffindung des Reliquienschatzes 1388 bis hin zum Brand von Kirche und Kloster 1669, der aber nicht den Heiligen Schatz vernichtete.