Das 18. Jahrhundert ist zunächst gekennzeichnet von einer weiteren Blüte des klösterlichen Lebens auf dem Heiligen Berg.

1715 baut Johann Michael Dietrich aus Tölz für die Wallfahrtskirche eine neue Orgel mit 28 Registern. Der Orgelprospekt steht heute noch. Auch die Klosterökonomie hat am Aufschwung dieser Jahre teil. 1730 wird ein Bierkeller in den Berg getrieben – unterhalb der späteren Apotheke.

Doch Aufklärung und Französische Revolution machen auch vor dem Kloster Andechs nicht halt.

Von 1751 bis 1755 lässt Abt Bernhard Schütz (1746-1759) die Wallfahrtskirche und Teile des Klosters in Vorbereitung zum 300-jährigen Gründungsjubiläum im Stil des Rokoko umgestalten und beruft dafür namhafte Künstler nach Andechs.

1755 wird schließlich Feier des 300-jährigen Gründungsjubiläums des Klosters mit einer Festwoche im September begangen, zu der der Andechser Mönch Pater Gregor Schreyer acht Messen komponiert und unter anderem eine große theologische Disputation stattfinden. Unter Abt Meinhard Moosmüller (1759-1767) entsteht von 1763 bis 1767 die zweigeschossige Klosterapotheke am Südostrand des Fronhofes mit Fresken von Joseph Matthias Ott (1735-1791), die verschiedene biblische Szenen zum Thema Heilung zeigen.

Abt Gregor Rauch (1791-1803) muss schließlich die Aufhebung des Klosters erleben. In Folge von Aufklärung und der Französischen Revolution werden 1803 alle Klöster in Bayern per Reichsgesetz aufgelöst. 1804 werden die Klostergebäude verkauft. Wallfahrtskirche und Apotheke fallen an den Staat.

In Andechs durften die Mönche zunächst noch im Kloster wohnen. Die Gemeinschaft fiel jedoch bald auseinander, weil ihr jedes klösterliche Leben untersagt war. Besonders die jüngeren Mönche suchten sich neue Aufgaben in weltlicher Seelsorge oder Schule. 1812 schließlich wird die Apotheke aufgelöst.