In der Schrotmühle wird das Malz zermahlen und im Maischebottich das Malzschrot mit Brauwasser zur Maische vermischt. So lösen sich die Inhaltsstoffe wie Eiweiß, Zucker, Mineralstoffe und Vitamine. Für die untergärigen dunklen Biere wendet die Klosterbrauerei das traditionelle Mehrfach-Maischverfahren an. Dadurch erhält das Bier seinen unverwechselbar aromatischen Malzgeschmack, den sogenannten „Malzkörper“.

Im Läuterbottich werden die festen und flüssigen Bestandteile der Maische getrennt. Die festen Rückstände (Treber) enthalten Spelzen, Ballaststoffe, Mineralstoffe und Vitamine. Der Treber aus der Klosterbrauerei Andechs ist auch fester Bestandteil des Andechser Brotes aus der Hofpfisterei in München. Der flüssige Bestandteil wird Würze genannt. Sie enthält unter anderem den gelösten Malzzucker, Mineralstoffe und Vitamine. In der Würzepfanne wird die Würze gekocht und der Hopfen zugegeben. Die Klosterbrauerei verwendet ausschließlich weibliche Dolden des Hallertauer Aromahopfens. 

Im Whirlpool werden schließlich die Trübstoffe, wie z. B. Eiweiß und Hopfenblätter, aus der Würze geschieden und die Stammwürze ermittelt. Stammwürze- und Alkoholgehalt des Bieres stehen etwa in einem Verhältnis von 3 zu 1. Der Würzkühler kühlt im Anschluss die Würze – jetzt spricht der Brauer von der „Ausschlagwürze“ – so weit, dass die Temperatur für die Gärung erreicht wird.