Il XVIII secolo è inizialmente segnato da una nuova fioritura della vita monastica sul Sacro Monte.

Nel 1715 Johann Michael Dietrich di Tölz costruì un nuovo organo con 28 registri per la Chiesa del pellegrinaggio. Il prospetto dell'organo esiste ancora oggi. Anche l'economia monastica contribuì allo sviluppo di questi anni. Nel 1730 sulla montagna venne messo in funzione un birrificio, al di sotto dei locali che successivamente verranno adibiti alla farmacia.

Ma l'illuminismo e la Rivoluzione Francese non si fermarono neanche davanti al monastero di Andechs.

Dal 1751 al 1755, l'abate Bernhard Schütz (1746-1759) fece modificare la Chiesa del pellegrinaggio e parti del monastero in stile rococò, in preparazione del 300° anniversario della fondazione del monastero, chiamando ad Andechs artisti rinomati.

Nel 1755, nel mese di settembre finalmente si celebrò il 300° anniversario della fondazione del monastero con una settimana di festeggiamenti, durante la quale il monaco di Andechs padre Gregor Schreyer compose otto messe e si svolse una grande disputa teologica. Sotto l'abate Meinhard Moosmüller (1759-1767), tra il 1763 e il 1767 venne costruita la farmacia del monastero di due piani, sul bordo sudorientale del Fronhof, con affreschi di Joseph Matthias Ott (1735-1791) che illustrano scene bibliche sul tema della guarigione.

Infine, l'abate Gregor Rauch (1791-1803) dovette assistere alla dissoluzione del monastero. Sull’onda dell'illuminismo e della Rivoluzione Francese, tutti i monasteri della Baviera furono sciolti per legge imperiale nel 1803. Nel 1804 gli edifici del monastero furono venduti. Il santuario e la farmacia passarono alla competenza dello Stato.

Ad Andechs, inizialmente ai monaci fu concesso di continuare a vivere nel monastero. Tuttavia, presto la comunità si disgregò perché le fu proibito lo svolgimento della vita monastica. Soprattutto i monaci più giovani cercarono nuovi impieghi nella cura pastorale secolare o nell’insegnamento. Infine, nel 1812, la farmacia venne sciolta.