Al di fuori delle aree di insediamento, l’adorazione delle origini si svolgeva intorno alle tombe dei martiri e dei santi. Dall’epoca dell'imperatore Costantino, nel IV secolo, le chiese sono state dedicate ai martiri più importanti. Molte sono costruite sulle tombe dei santi. In questo modo è stato possibile anche l'inverso, cioè il trasferimento dei resti mortali dei santi in una chiesa. Dal Medioevo, così si è creato il collegamento con l'altare. Adesso in ogni altare devono essere incluse delle reliquie.

Fin dalla tarda antichità alle reliquie è stata attribuita una seconda dimensione: quella delle loro proprietà curative, protettive o della loro capacità di tenere lontano il male. Pertanto, si cercò non solo di avere sepoltura vicino alle reliquie, ma anche di possederle. Principi, vescovi e abati crearono importanti collezioni di reliquie. Durante la Riforma, questo sviluppo inflazionistico fu aspramente criticato più e più volte. Ma chi è consapevole che è un fatto umano vivere con tutti i sensi può comprendere ancora oggi il significato delle reliquie. La questiona non è tanto quella dell’autenticità storica, quanto delle reliquie come testimonianze di fede e segni visibili della grazia di Dio.

Gli inizi del Tesoro delle Reliquie risalgono al X secolo. Le reliquie sono strettamente legate alla dinastia dei conti di Andechs. Si dice che il conte Rasso, antenato degli Andechs-Merania, abbia riportato le prime reliquie di Gesù da un pellegrinaggio in Terra Santa. Queste sono diventate il nucleo del "Tesoro" di Andechs: un ramo della corona di spine, una parte dello "scettro della derisione di Cristo" e un frammento della croce di Cristo. Altri pezzi del "Tesoro" sono preziose reliquie tessili come la "Stola" di San Giovanni Evangelista o la "Cintura" di Maria Maddalena. La "Rosa d'oro" del fondatore del monastero, il duca Albrecht III, e la cosiddetta Croce della Vittoria di Carlo Magno sono venerate come reliquie. Ad Andechs si venerano anche le reliquie di San Nicola e Santa Elisabetta di Turingia, patroni del santuario.

"Le Tre Sacre Ostie” costituiscono il nucleo del “Tesoro” di Andechs. Due ostie si dice che provengano da Papa Gregorio Magno (VI secolo) e mostrano la croce e una falange insanguinate; la terza con il monogramma di Gesù nel sangue risale a Papa Leone IX (XI secolo).

Nel corso dei secoli, il Tesoro delle reliquie di Andechs fu continuamente ampliato e modificato. Nel 1715 il "Sacro Tesoro" comprendeva ancora 277 reliquie. Dopo la secolarizzazione nel 1803 erano rimasti ad Andechs solo 40 pezzi. Nel 1924 una scheggia del cranio di Santa Edvige di Slesia fu portata ad Andechs in dono dal cardinale Bertram di Breslau. Nella teca di vetro dell'Altare Maggiore superiore e nella Cappella della Croce riposano i resti di Santa Paulina e Santa Serena. Nel 1967, una parte del Tesoro delle Reliquie fu esposta nel Museo Nazionale Bavarese di Monaco.

Anche al di fuori della Chiesa del pellegrinaggio ci sono delle reliquie di Andechs. Per esempio, la "Croce di Forstenried", un crocifisso romanico oggi conservato nella chiesa parrocchiale di Forstenried, è un ricordo dei conti di Andechs. Parti del "Tesoro" di Andechs si trovano anche nella Camera del Tesoro e nel reliquiario della Residenza di Monaco.

Oggi il reliquiario è conservato nella "Sacra Cappella" e viene mostrato a piccoli gruppi durante le visite guidate della chiesa.