Sviluppo e declino
Con la fondazione del monastero nel 1455, inizia un primo periodo di prosperità. Ma una nuova era stava per arrivare. La Riforma e la Guerra dei Trent'anni colpirono duramente il monastero, tuttavia nessuno pensò di abbandonare il Sacro Monte di Baviera.
Nel primo periodo successivo alla fondazione, nel 1455, il monastero fiorì. Questo periodo fu caratterizzato da donazioni e lavori di costruzione.
Nel 1472 fu consacrata la Sacra Cappella e nel 1492 i monaci di Andechs elessero tra loro il primo abate: Johann von Schrattenbach (1492-1521). Nel 1494 fu costruito il primo altare del Tesoro.
A partire dal 1520, tuttavia, anche Andechs fu colpita dal generale declino ecclesiastico. La Riforma stava avendo un forte impatto. Il numero di pellegrini diminuì, per via delle critiche mosse al pellegrinaggio, ma anche a causa delle guerre contadine. Inoltre, la disciplina monastica si indebolì e le condizioni economiche si aggravarono. Nel periodo tra il 1540 e il 1588, quattro amministratori e cinque abati cercarono di migliorare la situazione, tuttavia senza successo.
Solo l'abate David Aichler (1588-1596) di Ottobeuren riuscì a stabilizzare la situazione. Consolidò la disciplina monastica, pubblicò una cronaca di Andechs nel 1595 e acquistò nuovi arredi per la chiesa. Durante questo periodo fu costruita la cappella Vöhlin (1591-1594). Nel 1593 il piazzale meridionale della chiesa fu allestito come luogo di incontro per i pellegrini, dove potevano riunirsi quando le reliquie di Andechs venivano mostrate dall'erker della cappella Vöhlin, cioè quando aveva luogo la cosiddetta "esposizione del Tesoro". Da lì deriva anche il nome del piazzale meridionale della chiesa, Fronhof, in tedesco Herrenhof (cortile del Signore). Il nome si riferisce alle reliquie di Gesù, come un frammento della croce o della corona di spine, che venivano mostrate durante l’esposizione del Tesoro.
Con l'elezione dell'abate Johann Chrysostomus Huttler (1600-1610) iniziò una nuova fase di sviluppo. Nel 1607 la Chiesa del pellegrinaggio fu modificata in stile rinascimentale. Il periodo d'oro proseguì sotto l'abate Michael Einslin (1610-1640). Durante questo periodo, ogni anno arrivavano ad Andechs circa 100.000 pellegrini. Il Sacro Monte fu di nuovo il centro della vita ecclesiastica in Baviera.
Guerra dei Trent'anni e ricostruzione
La Guerra dei Trent'anni (1618-1648) infuriò con ripercussioni ancora peggiori. Acquartieramenti, saccheggi, peste, fughe e sfollamenti segnarono gli anni descritti dall'abate Maurus Friesenegger (1640-1655) nel suo famoso diario. Con la fine della guerra, il monastero si riprese relativamente in fretta, finché un fulmine non colpì la cima del campanile nel 1669. La chiesa e il monastero vennero ridotti in macerie, si salvarono solo la Sacra Cappella e l'ala della foresteria. Nel 1669 fu ripristinato il tetto della chiesa e nel 1671 il monastero fu occupato nuovamente. Sotto l'abate Maurus Rambeck (1666-1686), nel 1683 fu fondata la Congregazione Benedettina Bavarese, con un’ampia partecipazione di abati e monaci di Andechs. Nel 1687 fu migliorato notevolmente l’approvvigionamento d’acqua sul Sacro Monte con la costruzione della prima conduttura idrica.