Claudius Eckert, questo il nome anagrafico dell'abate Johannes, nacque a Mosbach nel 1969 e si diplomò al Nicolaus-Kistner-Gymnasium nel 1988. Prestò servizio civile dal 1988 al 1990 nell'ospedale Vinzentinum con le Sorelle della Carità a Ruhpolding. In seguito studiò teologia cattolica all'Università Ludwig Maximilian di Monaco. Nel 1993 entrò nell'Abbazia di San Bonifacio e ricevette il nome religioso Johannes dopo aver preso i voti.

Celebrò la sua professione solenne ad Andechs nel 1998, impegnandosi così a vivere nella comunità monastica. Dal 1995 Johannes Eckert conduce gli Esercizi per manager di Andechs, e ha assistito numerose aziende di medie dimensioni e organizzazioni su questioni etiche. Nel 2000, frate Johannes ha conseguito il dottorato in teologia con una tesi sul tema: "Servire invece di governare. Cultura aziendale e spiritualità religiosa" presso l'Università Ludwig Maximilian di Monaco. Nello stesso anno è stato ordinato sacerdote ad Andechs e da allora è impegnato nella cura pastorale a Erling e Machtlfing.

Il 23 luglio 2003 i monaci lo hanno eletto abate per un periodo di dodici anni. Il 2 ottobre 2003 ha ricevuto la benedizione del cardinale Friedrich Wetter nella Basilica di San Bonifacio. L'abate Johannes ha scelto un’espressione dal quarto capitolo della Regola di San Benedetto come motto per il suo ministero: "Diligere ex toto corde" - "Amare con tutto il cuore". Nel 2015, i monaci lo hanno confermato nel suo ministero di abate per altri dodici anni.