Seitenaltäre und Seitenkapellen
Der Innenraum wirkt durch seine Baldachinstruktur wie ein Zelt, das Pilger als „bergenden Schutzmantel“ erfahren können. Die kulissenartig platzierten Seitenaltäre von Johann Baptist Straub (1704-1784) und die Seitenkapellen verstärken diesen Eindruck.
Östliche Seitenaltäre
Die Altarblätter von Johann Andreas Wolff (1652-1716) zeigen links den Tod des heiligen Benedikt und rechts den seligen Rasso als „Feldherrn Bayerns“. In den Ovalbildern darüber sind die heiligen Päpste Gregor der Große und Leo IX. zu erkennen, auf die die Heiligen Drei Hostien zurückgehen. Die Altarblätter werden flankiert von den „Vier Kaplänen Mariens“, von links die heiligen Ildefons von Toledo, Anselm von Canterbury, Bernhard von Clairvaux und Hermann der Lahme.
Westliche Seitenaltäre
Sie zeigen die Taufe Jesu durch Johannes den Täufer und den Erzengel Michael beim Jüngsten Gericht. Das linke Altarbild wird Elias Greither aus Weilheim (1615) zugeschrieben. Das rechte Altarbild hat der Augsburger Johann Georg Knappich um 1672 gemalt.
Wachsgewölbe - Votivkerzen
Im Wachsgewölbe werden heute etwa 250 Wachskerzen aus fünf Jahrhunderten aufbewahrt. Es ist nicht öffentlich zugänglich.
Wallfahrtsgruppen, Städte, Gemeinden, Zünfte, Bruderschaften, Adelsfamilien, Pfarreien und einzelne Pilger haben im Laufe der Zeit viele Kerzen für den ältesten Wallfahrtsort Bayerns gestiftet. Nur wenige haben den Brand von 1669 überstanden. Die „Vöhlinsche Kerze“ von 1594 ist die älteste. Die größte und schwerste Kerze (2,40 m; 42 kg) trugen im Jahre 1727 Bürger von Augsburg nach Andechs.
Die Seitenkapellen
Die Seitenkapellen vermitteln einen Eindruck von Frömmigkeit, Kunstsinn und Schaffenskraft der Menschen rund um den Heiligen Berg im Laufe der vergangenen Jahrhunderte bis in unsere Tage.
