Der Überlieferung nach war zur Zeit der Klostergründung das Instrumentenspiel eine der Aufnahmevoraussetzungen für Mönche, die dem Benediktinerorden auf dem Heiligen Berg beitreten wollten. So pflegte man in Andechs schon seit der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts neben dem Choralgesang auch das Orgelspiel. Im 18. Jahrhundert waren auf dem Heiligen Berg viele begabte Musiker tätig, unter anderen der Organist Gregor Schreyer, der Dichter und Musikus Placidus Scharl und der böhmische Kompositeur Franz Christoph Neubauer.

Neben den allsommerlich stattfindenden Carl Orff-Festspielen pflegt das Kloster ein reiches Kirchenmusikleben. Unter der Leitung des Andechser Kirchenmusikers Anton Ludwig Pfell finden Oratorienkonzerte, Chor- und Orchesterkonzerte sowie der jährliche Orgelsommer statt.
Fester Bestandteil der Kirchenmusik ist der Andechser Orgelsommer, zu dem Organisten aus aller Welt eingeladen werden. Großer Beliebtheit erfreut sich seit Jahren das Andechser Orgelfest Mitte August, das auch auf den Kirchenvorplatz übertragen wird.
Regelmäßige Musikgottesdienste, bei denen Chor- und Orchesterwerke erklingen, runden das Profil des Kirchenmusiklebens in Andechs ab.